En 1985, la UNAM creó el Centro de Investigaciones Humanísticas de Mesoamérica y el Estado de Chiapas al integrar una asociación civil conformada por la propia Universidad y cuatro instituciones locales. En 1998 se reestructura como el Programa de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Mesoamérica y el sureste, adscrito al Instituto de Investigaciones Antropológicas. En 2015, el Consejo Universitario aprobó su transformación a Centro foráneo adscrito a la Coordinación de Humanidades. Su misión es consolidar las actividades de investigación, docencia y difusión de la UNAM en el estado de Chiapas, así como apoyar los proyectos de investigación multidisciplinaria sobre los diferentes temas y problemáticas de Chiapas y la frontera sur de México, para contribuir de ese modo al fortalecimiento de la vocación nacional de la UNAM. En el marco de los objetivos del Centro y de acuerdo con los intereses temáticos de sus investigadores, se establecieron dos líneas de investigación: Frontera, su construcción y significados; y Estado y diversidad cultural.