Jesús Silva Herzog funda el Instituto, dentro de la Escuela Nacional de Economía, en 1940. En 1967, Diego López Rosado, logra su autonomía respecto a la Escuela. El Instituto realiza investigaciones desde una perspectiva crítica, alrededor de una visión del desarrollo económico en la búsqueda del bienestar de los sectores sociales más desfavorecidos, contribuyendo al análisis teórico y empírico de los problemas económicos nacionales y mundiales. Sus unidades académicas son: Desarrollo y Políticas Públicas, Economía Mundial, Industrial, Economía del Sector Primario, Economía Urbana y Regional, Economía Aplicada, Economía del Trabajo y de la Tecnología, Historia Económica, Economía Fiscal y Financiera, Economía de la Educación, la Ciencia y la Tecnología, Economía del Sector Energético, Economía Política del Desarrollo, Estudios Hacendarios y del Sector Público, Economía del Conocimiento y Desarrollo, Economía y Medio Ambiente, Economía del Sector Agroalimentario; y en la Coordinación de Análisis Macroeconométrico Prospectivo.
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